Những con đường trong Brain Train đầy rẫy sự vô luật pháp và hỗn loạn. Ô tô đang chặn đường ray và bạn phải dọn sạch chúng, tạo điều kiện cho tàu đi qua. Cơ chế thanh toán bù trừ được xác định theo quy tắc - ba liên tiếp. Bạn phải thêm nhiều ô tô hơn vào phương tiện giao thông hiện có để có ba chiếc giống hệt nhau liên tiếp. Họ sẽ biến mất và đoàn tàu sẽ tiếp tục di chuyển.